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JMT日本医疗——使用人工智能设计候选胃酸抑制剂,为药物研发创造新流程①

点击量:4597   日期:2023-10-08 13:03    编辑:JMT日本医疗

每年2兆日元的世界市场规模的胃酸抑制剂,要求具有新结构的药剂

 

名古屋大学9月29日宣布,利用AI、有机化学、结构生物学,成功创造出了可作为胃酸抑制剂候选的新化合物。

 

该研究是由该大学细胞生理学研究中心的阿部一启副教授、大学院创新药物科学研究科的横岛聪教授、株式会社理论创新药物研究所的吉森笃史博士、 intage healthcare株式会社等组成的研究小组进行的。研究成果在线发表在《Communications Biology》上。

 

消化食物时分泌的胃酸会使人的胃内部形成很强的酸性(pH1)。胃的表面受到粘膜的保护,所以很少会受伤,但是如果因为暴饮暴食或肉体精神压力而使粘膜减少,或者幽门螺杆菌的感染而使粘膜受损的话,胃酸就会伤害到自身。这就是令人不快的烧心症状,严重时还会引发胃溃疡和反流性食道炎症状的原因。为了治疗这种疾病,只要封闭产生胃酸的源头就可以了。产生这种胃酸的根源,强酸性的原因的氢离子(H+),是存在于胃表面的被称为“胃质子泵”的蛋白质。

 

阻碍“胃质子泵”工作的药物被称为胃酸抑制剂,其中以奥美拉唑为代表的“Proton Pump Inhibitor (PPI)”和以Vonoprazan为代表的新型药物“K+拮抗型酸性阻断剂(P-CAB)”被用于实际的治疗中。这些药物还用于中和胃酸以确保抗生素的有效性,从而在对作为胃癌主要原因的幽门螺杆菌进行除菌时使用。除此之外还被用于各种各样的用途,据说世界市场的规模每年达2兆日元。为了更迅速、更可靠的治愈,为了减少药效的个体差异,为了避免未知的副作用或与其他药物的相互作用,开发具有与现有药物大不相同的化学结构的药物,有助于扩大治疗的选择范围。

 

利用人工智能设计具有独特结构的胃酸抑制剂化合物

 

研究小组此前利用X射线和电子显微镜调查多种胃酸抑制剂与胃质子泵结合的状态,获得了现有药物和抑制剂与蛋白质的哪个部分结合的信息。这些药剂都结合在H+通道上,通过堵塞H+通道来“阻断”酸。但是根据化合物的不同,结合的场所也有所不同。例如,被称为P-CAB原型化合物的SCH28080在X和Y两处结合,而Vonoprazan通过不同的区域Z结合X和Y。研究小组认为,如果有一种新化合物能够结合所有场所(X、Y、Z),那么就能结合得更紧密。

 

但是,要想找到一种能够在结合位置正好结合的化合物并不容易。迄今为止,采用的方法是参考现有的药物/抑制剂的结构,加入或改变官能团,制造出具有更高亲和性的官能团。但是,这种方法无法大幅改善由化合物骨架引起的副作用和药代动力学,即使得到了好的药物,也可能因专利而无法使用该化合物。

 

因此,为了设计出与现有化合物完全不同的独特结构的化合物,使用了人工智能。该研究小组开发了应用机器学习设计de novo化合物的软件“Deep Quartet(DQ)”。在这次的研究中,使用这种方法,在胃质子泵结构的任意位置指定多个结合部位(pharmacofofature),并设计连接该结合部位的化合物。

 

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