JMT日本医疗——阐明胃粘膜上皮到肠上皮化生的过程，从空间+单细胞基因表达①

点击量：2477   日期：2023-10-26 10:35    编辑：JMT日本医疗

日本东京大学2023年10月13日宣布，对人胃的13万7610细胞的单细胞RNA-seq及24万4445细胞进行了空间基因表达分析，明确了包括构成胃的细胞的空间信息在内的基因表达曲线。该研究由该大学研究生院医学系研究科卫生学领域的坪坂步研究生、石川俊平教授、人体病理学·病理诊断学领域的牛久哲男教授、消化道外科学的濑户泰之教授等研究小组进行。研究成果刊登在《Cell Reports》上。

在消化道中，胃具有食物的短暂储藏、胃酸分泌、粘液分泌、消化荷尔蒙分泌等多种作用，与小肠和大肠相比构成的细胞多种多样。因此，关于胃粘膜上皮中的干细胞的鉴定、细胞分化·同源性、以及前癌病变的肠上皮化生的详细过程的全貌至今还没有明确。

近年来，以1个细胞为单位明确各个细胞的表达模式的单细胞RNA-seq盛行，从多种细胞种类的鉴定开始，推测其干细胞性和分化阶段，也有助于理解各细胞间的相互作用。然而，到目前为止，全球正常细胞单细胞RNA-seq的数据库“Human Cell Atlas”几乎不包含胃的数据。另外，单细胞RNAseq的缺点在于，所得到的细胞在组织内存在于何处这样的空间信息丢失，因此，新开发了在组织上鉴定基因的表达曲线的空间基因表达解析技术。

在此基础上，以1个细胞为单位明确胃的各细胞的基因表达分布，在空间上明确各自的相互作用，对于理解胃的同源性，明确以胃癌为首的各种疾病的机制和发病机制是很重要的。

32人13万7610细胞的单细胞RNA-seq分析

研究小组首先对该大学医学院附属医院实施外科胃切除术的15名正常胃组织进行了单细胞RNA-seq，并结合公开数据库中登记的17名单细胞RNA-seq数据，对共计32人至13.7610万细胞进行了分析。然后，对构成胃的主要细胞种上皮细胞、成纤维细胞、免疫细胞、血管内皮细胞进行了鉴定，特别对上皮细胞、成纤维细胞进行了详细的分析。

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