JMT日本医疗——通过国际基因组分析阐明类风湿关节炎的遗传背景②

点击量：187   日期：2022-12-02 10:34    编辑：JMT日本医疗

研究方法成果

本研究由欧美人集团、东亚人集团、非洲人集团、南亚人集团、阿拉伯人集团构成的37个科霍特参加，以35871名关节风湿病患者和240149名健康者，合计276020人为对象实施了GWAS（图1）。这是以类风湿关节炎为对象的史上最大规模的。与多数的GWAS以欧美人集团为中心进行比较，此次患者的约三分之一（11025人）是东亚人集团，其中大部分是在日本收集的样品。该GWAS共鉴定出124个风险变异，其中34个是新发现。​

图1

将本次GWAS中使用的各人种群体的样本数分为患者群、健康群来表示。还显示了收集样品的设施的地理信息。

此外，国际共同研究小组使用近似贝叶斯因子详细映射了检测到的风险变异的定位。和预想的一样，与单一人种集团的GWAS相比，多人种集团的GWAS得到了更高精度的映射结果（图2a）。在整个研究中，我们成功地鉴定出了事后概率超过50%的35个风险变异。以最高精度映射的风险变异被LEF1基因座鉴定了。LEF1基因变异位于CD4阳性T细胞的基因表达控制区域，因此CD4阳性T细胞的基因表达控制异常与发病风险有关（图2b）。

高精度地映射风险变异的定位，在变异的功能解析实验中成为重要的信息，因此本研究成果被认为与关节风湿病的病情阐明的加速相连。

图2 风险变异的局部映射

a）对于每个GWAS条件，比较局部映射精度的后验概率。显示了122个风险变异的后验概率分布。使用了只以东亚人集团为对象的GWAS、只以欧美人集团为对象的GWAS、包括5个人种集团在内的GWAS的结果。用Wilcoxon检验（评估一对样品差异的非参数检验方法之一）评估每个条件之间差异的有效性，并显示P值。P值是指在统计检验中，在归无假说下检验统计量成为观测到的值的概率，P值越小，观测到的现象越少（在此，在两个条件下映射精度不同的可能性越高）。

b）获得99%以上后验概率的风险变异的一例。rs58107865存在于LEF1基因区，在CD4阳性T细胞的基因表达调控活性高的区。

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